益農信息社的前身是12316村級信息服務站，是農業農村部信息進村入戶工程的載體。

　　2006年以來，原農業部積極探索信息服務進村入戶的途徑和辦法，統籌規劃語音電話、手機短(彩)信、廣播電視、互聯網絡等現代傳播手段，以電腦、電視和電話“三電合一”項目為推手，利用社會力量，創新工作方法，打造了公益性的12316三農信息服務平臺。

　　2014年，原農業部下發《2014年信息服務進村入戶工程實施方案(意見征求稿)》，啟動“信息進村入戶”試點工程。

　　2017年3月，在北京召開的信息進村入戶工程整省推進示范工作布置會上，決定在遼寧、吉林、黑龍江、江蘇等10省市開展整省推進示范。

　　2018年整省推進示范擴大到18個省份。

　　同年，農業農村部發布的《農業農村信息化發展前景及政策導向》中進一步明確益農信息社的建設標準，即在農業農村部主導下，按照有場所、有人員、有設備、有寬帶、有網頁、有持續運營能力“六有”標準，為每個行政村新建或利用現有設施改建益農信息社，開展公益服務、便民服務、電子商務、培訓體驗服務。

　　此舉旨在打通城鄉數字鴻溝，以信息流帶動技術流、資金流、人才流、物資流向農村聚集。

　　2019年，這一實踐進一步細化。農業農村部發布《關于全面推進信息進村入戶工程的通知》中指出，將采取“全面推進、分步實施”的方式，指導支持各省份開展信息進村入戶整省推進。

　　通知中進一步明確目標，到2020年底，益農信息社覆蓋全國80%以上的行政村，“政府+運營商+服務商”三位一體的推進機制進一步完善，公益服務、便民服務、電子商務、培訓體驗服務等服務內容基本滿足農民生產生活需求。

　　發展至今，益農信息社在全國各地落地生根。

　　據統計，截至2019年底，全國接近70%的行政村共建有38萬個益農信息社。